QTL分析sQTL和eQTL区别的应用拓展QTL技术不仅限于宏观性状sQTL和eQTL区别，现已延伸至微观层面如eQTL表达QTLpQTL蛋白质QTL和sQTL剪接QTL等，它们分别关注基因表达蛋白质水平和转录后调控过程此外，extreme QTL xQTL技术通过选择极端数量性状的个体，如高产量或高表型值，来增强QTL定位的精度，通过比较选择群体与。

甚至可以捕捉到正常生理状态下eQTL和sQTL所遗漏的遗传调控信息值得注意的是，当前的eGTEx系列研究缺乏关于启动子增强子。

sQTL 没有太大区别图3B对于大多数75% sQTL ，不同的基因型优势转录本仍旧为优势转录本图3C左边，然而有25%的。

鉴于启动子差异极大地影响基因表达水平并且大多数sQTL作图方法不能捕获UTR变异，这解释sQTL和eQTL的因果变体之间的低重叠以。

参考基因组则可使用R包下载或从官网直接下载SMR软件适用于数据整理与分析，通过命令行输入相关参数，如bldgwassummarybeqtlsummary等，来完成数据整合SMR结果中的倒数第二列和倒数第三列p值分别对应smr和heidi检验结果，而b_GWAS和b_eqtl列的值则与SNP的具体效应相关在smr软件中，通过参数。